Một số lưu ý cho người dùng khi sử dụng và chế biến yến sào sao cho đầy đủ dinh dưỡng và hiệu quả tốt nhất:

1.Không nên cho đường phèn vào chưng cùng lúc với yến vì sẽ làm ảnh hưởng đến hương vị, hàm lượng dưỡng chất và độ nở của yến trong trường hợp chưng yến có sử dụng đường phèn. Yến có thể kết hợp với các nguyên liệu như long nhãn, táo đỏ, hạt sen, hoặc sữa để tạo ra món ăn vừa bổ dưỡng lại thơm ngon.
2.Nếu dùng yến chế biến chung với các món ăn có nêm nếm gia vị như cháo, cơm,… thì lời khuyên là người dùng nên nấu chín trước các món ăn rồi mới cho yến vào sau, như vậy sẽ giữ nguyên các chất dinh dưỡng của yến sào. Nếu không sử dụng hết, bạn có thể bảo quản yến đã chế biến trong tủ lạnh để dùng sau, nhưng không nên để quá lâu (chỉ trong khoảng 2-3 ngày). Yến chưa chế biến nên được bảo quản nơi khô ráo, thoáng mát hoặc trong tủ đông để giữ được lâu.
3.Từ 25-30 phút là thời gian lý tưởng để chưng yến bởi vì khoảng thời gian này đủ để yến chín mềm, sợi yến dẻo dai, không bị nát và mùi tanh tự nhiên vẫn giữ nguyên.
4.Tổ yến sào có thể sử dụng nóng hoặc lạnh, tuỳ theo sở thích của mỗi người. Tuy nhiên, tuỳ vào từng đối tượng mà sử dụng liều lượng phù hợp, lời khuyên là nên sử dụng mỗi ngày một ít (tầm 30 gram) để sức khoẻ được đảm bảo tốt nhất.
5.Nên ăn món yến sào khi đang đói bụng vì đây là thời điểm tốt nhất để tăng cường khả năng hấp thụ dưỡng chất. Tốt nhất là trước khi đi ngủ hoặc sáng sớm trước khi ăn sáng.
6.Đối với những người có huyết áp thấp hoặc có tiền sử mắc các bệnh về đường tiêu hoá, hãy cho thêm vài lát gừng khi chế biến để hạn chế mùi tanh, tạo hương vị và tránh trường hợp bị lạnh bụng do yến có tính hàn cao.